Diagnosticar a síndrome da fadiga crônica é muito difícil , pois não existem exames de sangue ou outros tipos de testes clínicos que ofereçam uma resposta concreta. A única maneira de detectá-la é por meio de uma avaliação física e uma história clínica adequada realizada por um reumatologista ou um médico altamente qualificado no assunto.
O primeiro passo para um diagnóstico rápido e preciso é descartar que se trate de outra doença . Vale ressaltar que existem diversas condições que podem ser causadas pela fibromialgia ou estar intimamente relacionadas a esta doença , os pacientes podem até sofrer de várias doenças ao mesmo tempo.
Doenças com sintomas semelhantes à FM incluem:
1.- Osteoartrite . Esta é a forma mais comum de artrite e é caracterizada pela 
degeneração da cartilagem , que pode levar a dores ósseas e articulares intensas. Este tipo de dor pode ser semelhante à gerada pelos pontos sensíveis da fibromialgia nos quadris e joelhos. Além disso, tanto a fibromialgia quanto a osteoartrite causam rigidez matinal.
2.- Síndrome da fadiga crônica . Caracteriza-se por cansaço excessivo que deixa a pessoa exausta o dia todo. Pessoas com 
fibromialgia crônica não têm energia mesmo depois de dormir ou descansar o suficiente. Essa síndrome pode ser acompanhada por problemas de memória, dores de cabeça e dores musculares e articulares, que também são sintomas de fibromialgia. É importante saber que pelo menos 50% das pessoas com fibromialgia podem apresentar critérios para o diagnóstico de síndrome da fadiga crônica, o que dificulta o diagnóstico da doença.
3.- Depressão . Ter fibromialgia pode levar à depressão devido à dificuldade de conviver com a dor no dia a dia; no entanto, os 
sintomas de ambas as condições também são semelhantes. A depressão inclui sentimentos de tristeza, desesperança e perda de interesse em atividades, tornando a pessoa mais lenta para pensar ou falar, além de problemas de memória e concentração, os mesmos sintomas que ocorrem na fibromialgia .
4.- Hipotireoidismo. Trata-se de uma baixa produção da glândula tireoide no pescoço, causada por uma resposta anormal do sistema imunológico que ataca erroneamente 
os tecidos do corpo. Na fibromialgia, a resposta imunológica causa uma queda no hormônio tireoidiano, um elemento-chave para o corpo saber como usar a energia. Ter baixos níveis desse hormônio pode causar dor em todas as partes do corpo. O hipotireoidismo está associado a uma série de sintomas observados na fibromialgia, como fadiga, depressão, perda de memória e constipação.
5.- Síndrome do intestino irritável . Sintomas como constipação ou diarreia 
podem ser causados pela síndrome do intestino irritável, um problema digestivo que pode ser afetado pelo estresse ou pelo consumo de certos alimentos. Essa condição também pode incluir cólicas e dores estomacais.
6.- Problemas na mandíbula. A disfunção temporomandibular é uma condição na qual
os pacientes apertam ou rangem os dentes à noite; mastigar, morder e até mesmo falar pode causar muita dor. Dores de cabeça também ocorrem, o que é comum na fibromialgia.
7.- Lúpus . Assim como na fibromialgia, o sistema imunológico de uma pessoa com lúpus 
ataca os tecidos normais do corpo, causando inflamação e dor nos músculos ou articulações. Em ambas as doenças, os sintomas tendem a aparecer e desaparecer.
8.- Doença de Lyme. Algumas pessoas diagnosticadas com fibromialgia relatam já terem tido a doença de Lyme no passado e, embora atualmente não 
pesquisas que comprovem uma ligação direta entre as duas, acredita-se que entre as infecções que desencadeiam a fibromialgia esteja a doença de Lyme. Fadiga, dores de cabeça, dores musculares e rigidez na doença de Lyme são causadas por bactérias transmitidas pela picada de um carrapato, mas os exames de sangue para detecção nem sempre são confiáveis, tornando mais difícil a detecção da fibromialgia devido à semelhança dos sintomas.
9.- Cistite intersticial. Também chamada de síndrome da bexiga dolorosa, a parede da bexiga fica inflamada 
e assemelha-se a uma infecção do trato urinário. Assim como a fibromialgia, acredita-se queseja causada por nervos e leve à dor crônica. As duas condições geralmente ocorrem juntas.
10.- Polimialgia reumática . É muito provável que a FM seja confundida com este
distúrbio inflamatório que ocorre em pessoas com mais de 50 anos. Caracteriza-se por dor e rigidez no quadril, pescoço e ombros, pontos também comuns na fibromialgia. Ambos causam rigidez matinal e dores de cabeça.
11.- Artrite reumatoide . Articulações doloridas, inchadas e rígidas são características tanto da AR quanto da fibromialgia. 
Ao contrário da osteoartrite, ela pode ocorrer em qualquer idade e é causada pela inflamação e destruição do revestimento articular. Na FM e na AR, pontos dolorosos podem ser sentidos em ambos os lados do corpo.
